基本信息
- 项目名称：
- PCR-DGGE对肠道菌群定量及定性检测方法的建立
- 来源：
- 第十二届“挑战杯”省赛作品
- 小类：
- 生命科学
- 大类：
- 自然科学类学术论文
- 简介：
- 为比较SPF级实验小鼠粪便总DNA提取方法对肠道菌群多样性PCR-DGGE检测的影响，采用3种不同的DNA提取方法来提取小鼠粪便中细菌的总DNA，为肠道菌群定量及定性检测方法的建立为肠道菌群组成的研究提供了可行的条件。
- 详细介绍：
- 采用基于SDS的裂解法、改进的化学裂解法、Andybio 公司试剂盒提取法3种DNA提取方法提取小鼠粪便中细菌的总DNA，对比三种提取方法的细菌总DNA得率、16S rDNA基因V3区的PCR得率和变性梯度凝胶电泳（DGGE）图谱来比较SPF级实验小鼠粪便总DNA提取方法对肠道菌群多样性PCR-DGGE检测的影响，结果发现基于SDS的裂解法和国产试剂盒两种方法提取细菌总DNA均未得到理想结果，而改进的化学裂解法对粪便总DNA的提取效果较好，用琼脂糖电泳时有明显的较亮条带，且PCR结果和DGGE结果都较理想，能够检测到肠道中不同种类的细菌。PCR-DGGE对肠道菌群定量及定性检测方法的建立为肠道菌群组成的研究提供了可行的条件。
作品专业信息
撰写目的和基本思路
- 目的：比较SPF级实验小鼠粪便总DNA提取方法对肠道菌群多样性PCR-DGGE检测的影响。 基本思路：采用基于SDS的裂解法、改进的化学裂解法、Andybio 公司试剂盒提取法3种DNA提取方法提取小鼠粪便中细菌的总DNA，对比三种提取方法的细菌总DNA得率、16S rDNA基因V3区的PCR得率和变性梯度凝胶电泳（DGGE）图谱。为肠道菌群组成的研究提供了可行的条件。
科学性、先进性及独特之处
- 以PCR-DGGE的方法代替传统的细菌培养法来测定肠道菌群的变化，因大部分肠道微生物很难利用传统的选择培养法培养且对培养设备要求高，而PCR-DGGE更能够准确快速地反映整个肠道菌群的变化。由于大部分实验采用的商品试剂盒提取DNA的方法价格昂贵，故本课题采用的改进的传统DNA提取法，使DNA的提取变得实验室化，使PCR-DGGE方法可以在实验室进行大规模应用。
应用价值和现实意义
- 本课题中的改进的化学裂解法提取DNA有较大的利用价值，可以对动物粪便中细菌基因组DNA进行有效的提取，且该方法成本低廉，用实验窒常规试剂即可完成粪便DNA提取，为研究肠道菌群的数量及种类提供了基础，较传统的选择培养法快速、简便。为PCR-DGGE研究肠道菌群的数量和种类方法提供了可行的前提。
学术论文摘要
- 采用基于SDS的裂解法、改进的化学裂解法、Andybio 公司试剂盒提取法3种DNA提取方法提取小鼠粪便中细菌的总DNA，对比三种提取方法的细菌总DNA得率、16S rDNA基因V3区的PCR得率和变性梯度凝胶电泳（DGGE）图谱。结果 基于SDS的裂解法和国产试剂盒两种方法提取细菌总DNA均未得到理想结果，而改进的化学裂解法粪便总DNA的提取效果较好，用琼脂糖电泳时有明显的较亮条带，且PCR结果和DGGE结果都较理想，能够检测到肠道中不同种类的细菌。PCR-DGGE对肠道菌群定量及定性检测方法的建立为肠道菌群组成的研究提供了可行的条件。
获奖情况
- 在大连医科大学第五届“大学生课外科技作品大赛”中获得三等奖
鉴定结果
- 基于SDS的裂解法和国产试剂盒两种方法均未得到理想结果，改进的化学裂解法粪便总DNA的提取效果较好，能够检测到肠道中不同种类的细菌。
参考文献
- 维普中文科技期刊全文数据库、中国优秀博硕士学位论文全文数据库、中国期刊网（中国知识资源总库）、《中国微生态学杂志》、《基因工程技术实验指导》
同类课题研究水平概述
- 在国内外都进行着同类课题的研究，随着实验技术的发展利用传统的细菌培养法来检测肠道菌群的变化已有点落伍，而现在市场上销售的高端商品试剂盒虽然效果好但价格太昂贵，不便于大规模使用，现在国内好多科研人员以期用实验室常规试剂提取DNA法来取代试剂盒法，建立起完善的DNA提取、PCR-DGGE这套肠道菌群检测方法。而现在的实验室常规试剂提取DNA的方法还未能完善，可重复性较差、提取的DNA粗体物抑制PCR扩增等问题常常出现。现在好多课题围绕怎样有效地提取DNA并成功进行PCR扩增而展开，以期用常规试剂提取的DNA来使PCR-DGGE这套方法得以完善。
